스켈레트론 프라임는 던전에서 등장하는 기계형 보스이다. 머리와 네 개의 팔(프라임 소우, 프라임 바이스, 프라임 캐논, 프라임 레이저)으로 구성되며, 머리는 플레이어의 바로 위에 위치하려고 하고 팔들은 각기 다른 공격 패턴으로 압박한다. 밤이 끝나기 전 처치하지 못하면 새벽에 분노 상태로 전환되어 던전 가디언처럼 매우 빠르게 움직이며 접촉 즉사에 가까운 피해를 준다. 일정 거리 이상 떨어지면 하강하면서 빠르게 제거된다.
머리는 플레이어 위 12.5〜31.5 타일 사이를 유지하려 하고 좌우 6.25 타일 이내에 머물려고 하며, 목표 영역을 벗어나면 무한 가속으로 되돌아온다. 모든 10초마다 약 6.67초간 회전 페이즈에 진입해 공격이 강화된다. 이때 머리는 스파이크가 돋고 회전하여 플레이어를 향해 돌진하며 데미지와 방어력이 증가하고, 프라임 캐논은 조준을 직접 하며 발사 간격이 크게 줄고 폭탄은 지형과 화분에 닿아 폭발한다. 프라임 소우는 플레이어를 추적하고, 프라임 바이스는 난폭한 돌진을 자주 하며, 프라임 레이저는 더 빠른 간격으로 레이저를 발사한다.
전투에서의 핵심은 기동성 확보와 팔 우선 처치이다. 회전할 때는 피해가 배가되므로 장애물이 없는 이동로와 날개 사용이 중요하며, 수평 이동을 위한 스카이브리지를 만들면 유리하다. 팔 중 회피가 어려운 프라임 레이저를 우선 제거하면 전투가 수월해진다. 방어력이 높으므로 이커(ichor) 등 방어 무시 효과를 적절히 걸어주는 것이 효과적이며, 팔을 하나씩 제거해 머리의 보호를 없애면 전세가 쉽게 뒤집힌다.
그 밖의 특징으로 싸움 내내 머리가 입을 여닫는 애니메이션이 있고(회전 중에는 정지), 관절에서 불과 연기 입자가 계속 나온다. 스켈레트론 프라임은 손이 네 개인 유일한 보스이며, 회전 중일 때 맵 아이콘도 함께 회전한다.
