Comandante del Núcleo es un jefe de juego avanzado que aparece dentro del Crystal Meteorite después de haber obtenido las seis almas de titán. Se puede invocar por primera vez interactuando con el meteorito y haciéndolo añicos; después de derrotarlo una vez, se puede volver a invocar colocando un Ídolo de invocación del comandante del Núcleo sobre la runa dentro del meteorito. Una vez vencido el jefe, el Mercader con manto empieza a vender el ídolo de invocación, e interactuar con The Core después de eso reproduce el final y los créditos.
El combate se estructura alrededor de tres esferas en órbita. Comandante del Núcleo es invulnerable al inicio de ambas fases, y hay que derrotar cada esfera antes de poder paralizar al jefe y hacerle daño. Cuando una esfera se destruye, cae al suelo, permanece en su sitio y libera continuamente orbes eléctricos dañinos en un patrón pentagonal. Después de romper las tres esferas, Comandante del Núcleo se vuelve vulnerable durante un breve intervalo; cuando ese periodo termina, las esferas recuperan toda su salud y vuelven a orbitar. Una sola ventana de vulnerabilidad puede quitar hasta un 50% de la salud máxima del jefe, así que, en circunstancias normales, hay que romper cada fase dos veces, aunque un daño infligido muy alto puede saltarse ese límite.
En la fase 1, Comandante del Núcleo usa tres ataques principales. Invoca rayos cerca del jugador con varios patrones: un anillo con una abertura, dos filas por encima y por debajo del jugador, tres grupos separados que se van cerrando, o un único rayo rápido. También crea periódicamente torbellinos morados que atraen a los jugadores cercanos; las ubicaciones donde aparecen están marcadas con runas brillantes, pero los torbellinos pueden volverse peligrosos antes de formarse por completo e incluso pueden aparecer directamente debajo del jugador. Además, dispara tres proyectiles triangulares que persiguen directamente al jugador e infligen mucho daño, y desaparecen al contactar con bloques o tras unos segundos.
Cuando se le agota la salud, Comandante del Núcleo recupera toda la salud, se transforma en Unleashed Comandante del Núcleo y comienza la fase 2. Esta fase conserva todos los ataques de la fase 1 salvo el patrón de un único rayo, y añade un ataque de vacío anunciado por un sonido agudo. El jefe convierte el espacio a su alrededor en vacío y deja tres zonas seguras circulares, normalmente cerca de las esferas en órbita. Permanecer en el vacío aplica una penalización que inflige un 20% de la salud máxima por segundo, así que es obligatorio quedarse en las zonas seguras. Entonces, los patrones de rayos usados en la fase 1 se lanzan alrededor de las zonas seguras, que se encogen con el tiempo hasta que termina el ataque. Si Comandante del Núcleo queda paralizado durante este ataque, se detiene inmediatamente. La fase 2 también hace que los torbellinos aparezcan más lejos y que los rayos se muevan más rápido.
Las zonas seguras son las únicas áreas seguras durante el ataque del vacío, y su tamaño se reduce de forma constante hasta volverse muy pequeño.
Como las esferas son la clave de cada ventana de daño, controlarlas es el núcleo del combate.
Se puede volver a luchar contra el jefe después de la primera derrota usando el ídolo de invocación, lo que permite repetirlo para intentos posteriores o para farmear.
